El Beato Pío IX estableció la Diócesis de Wheeling el 19 de julio de 1850, con la Catedral de San José en Wheeling como sede del Obispo. La Diócesis fue rebautizada como Diócesis de Wheeling-Charleston el 4 de octubre de 1974, por decreto del Papa Pablo VI. La Iglesia del Sagrado Corazón en Charleston fue erigida como Co-Catedral y, el 09 de noviembre de 2009, fue nombrada Basílica Menor.

La diócesis de Wheeling-Charleston abarca todo el estado de Virginia Occidental, con una población total de 1.852.994 habitantes en una superficie de 24.282,45 millas cuadradas.

Cuando se estableció en 1850, la Diócesis de Wheeling se encontraba íntegramente dentro del Estado de Virginia. En 1863, cuando Virginia Occidental se separó de Virginia, ocho condados de la franja oriental de Virginia Occidental continuaron formando parte de la Diócesis de Richmond, y la Diócesis de Wheeling incluía diecisiete condados y medio del suroeste de Virginia.

El 13 de agosto de 1974, la diócesis de Wheeling fue reordenada para coincidir con el estado de Virginia Occidental. Los condados de Virginia pasaron a formar parte de la diócesis de Richmond.